獨立式發酵床也叫異位發酵床。需要在養豬場的旁邊建設一個大棚和集污池，一般要求需要5米多寬（因為翻耙機長度為3米），長度根據養殖量決定（一般存欄500頭豬只要100平方米，平均每頭豬占0.2平方米）。通過各種設備將糞污收集在集污池中，然后由污泥泵將里面的糞污均勻地分布于預先鋪設好的發酵床墊料中，開動翻耙機耕勻墊料，即進入正常運轉。它解決了前面兩代技術中所有的問題，特別是可以人為掌控進入墊料中的糞污量。通過良好的管理，死床的現象不會出現；還解決了通過空氣傳播的病害，更規范，更自動化。并且獨立式發酵床墊料的原料選擇非常的廣泛，墊料消耗少，可持續使用2年。
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新技術需要增加設施，在管理上需要盡量減少沖欄水，減少發酵床的壓力，設置飲水防漏水裝置等，使漏水能留到另外的集污池；要增設集污攪拌池、污泥泵和輸送管道、自動翻耙機、糞污噴淋設備等；以及飲水器最好適當改進，讓漏嘴水另外分流；現代化的集“翻耙-布污”一體化的設備有等完善。
獨立式發酵床墊料的原料選擇非常的廣泛，各種墊料，如秸稈、木屑、花生殼；墊料消耗少（每頭豬消耗墊料0.04立方米），使用成本低，平均一頭豬從出生到出欄大概只需要1.2～1.8元的菌種成本，如果加上墊料的成本大概5塊錢左右。
冬天或者初次建設時，在墊料中補充能量如玉米粉100克/平方米或葡萄糖50克/平方米。獨立式發酵床墊料厚度為50～100公分，在北方越厚越好，有自我保溫性能，但翻耙機必須保證翻耙70%以上深度。
獨立式發酵床墊料中95%的水分是揮發到空氣中去的，所以需要定期打開來排氣，尤其冬天，在中午打開塑料卷棚適當排氣。發酵床墊料中的氮主要是通過菌種反硝化細菌脫氮變成無色無味的氮氣揮發到空氣。雖然減少了糞污的肥效，但同時也減少了對土地的硝化面積。在此，鐘啟平還給我們介紹了新一代“反硝化脫氮-酸化-脫硫-解磷”發酵床復合型菌種，該菌種含有：屎腸球菌、糞腸球菌、反硝化細菌、硫化物氧化細菌、解磷解鉀菌、產朊假絲酵母、適當的地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、以及高活力酶制劑，各菌種都具有各自的優勢，達到多菌協調增效的作用，具有分解糞便能力強的優勢。
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